Generální ředitelství cel zveřejnilo na internetových stránkách celní správy obsáhlý vnitřní pokyn týkající se nově zavedených ekologických daní. Tento pokyn obsahuje vysvětlení některých pojmů používaných v legislativě a podrobněji popisuje též požadavky na získání povolení pro pořízení produktů podléhajících ekologickým daním bez daně nebo osvobozené od daně, a rovněž popis celého tohoto procesu.
Nejedná se sice o závazný pokyn, avšak lze předpokládat, že celní úřady se jím budou při interpretaci legislativy řídit. Také Ministerstvo financí zveřejnilo informace o uplatňování ekologických daní.