Aplikace SEPA bude probíhat postupně, je totiž potřeba zavést jednotné evropské standardy pro čtyři základní druhy platebních operací, a to bezhotovostní úhrady, které budou zavedeny jako prvé, přímá inkasa s předpokládanou aplikací na konci roku 2009. Do konce roku 2010 by měly být zavedeny do praxe úhrady či výběry pomocí platební karty. Čtvrtou skupinou jsou hotovostní platby v euru.
Rozdíl oproti současnosti bude ten, že místo dnešního čísla účtu se budou u převodů v eurech zadávat údaje o adresátovi ve formě IBAN a BIC. IBAN je číslo bankovního účtu v novém mezinárodním formátu, BIC se bankovní identifikační kód užívaný pro účely mezinárodního platebního styku. Tyto kódy jsou uváděny na výpisech z účtů již nyní, klienti tak nemusí mít obavy z jejich neznalosti. Navíc s každým příkazem lze poslat příjemci textovou zprávu o délce až 140 znaků.
Většina českých bank začne SEPA bezhotovostní úhrady v eurech nabízet postupně v průběhu prvního pololetí roku 2008.